Öğretim Programları Hakkında Bilgiler
| DERS BİLGİLERİ | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Ders | Kodu | Yarıyıl | Ders Süresi | Kredi | AKTS |
| Computational Biology and Advanced Topics | CEN 410 | 8 | 3 | 3 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar | None |
| Dersin Dili | İngilizce  |
| Dersin Seviyesi | Lisans |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Yılmaz ATAY |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Amacı | Protein dizilimleri ve diğer kompleks biyolojik sistemlerin bilgisayar tabanlı yöntemlerle analizinin yapılabilmesi |
| Dersin İçeriği | Temel Biyoloji, Dizilimlerin Eldesi, Dizilimlerin Hizalanması, Motiflerin Bulunması, Dinamik Programlama ile Hizalama,Moleküler Bilgisayarlar, Kompleks Biolojik Sistemlerin Analizine Giriş |
| Dersin Öğrenme Kazanımları |
|---|
| 1) Protein dizilimlerini kavramak |
| 2) Dizilimlerin analizi için gerekli yöntemlerin kavranması |
| 3) Dizilimlerdeki motiflerin elde edilebilmesi |
| 4) Kompleks biyolojik sistemlerin analizi için kullanılabilecek yöntemlerin kavranması |
| 5) |
| 6) |
| 7) |
| 8) |
| 9) |
| 10) |
| 11) |
| 12) |
| 13) |
| 14) |
| 15) |
| DERSİN PROGRAM KAZANIMLARINA KATKISI | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No | Temel öğrenme Kazanımları | Katkı Düzeyi | |||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | 1. Matematik, fen bilimleri ve bilgisayarla ilgili mühendislik konularında yeterli altyapıya sahip olma; bu alanlardaki kuramsal bilgileri beraber kullanabilme |
||||||
| 2 | 2. Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analitik yöntemler ve modelleme tekniklerini seçme ve uygulama |
||||||
| 3 | 3. Karmaşık bir sistemi, sistem bileşenini ya da süreci analiz etme ve istenen gereksinimleri karşılamak üzere gerçekçi kısıtlar altında tasarlama becerisi; bu doğrultuda modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi |
||||||
| 4 | 4. Mühendislik uygulamaları için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin kullanma becerisi |
||||||
| 5 | 5. Karmaşık bilgisayar mühendisliği problemlerin çözümüne ilişkin deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi |
||||||
| 6 | Bireysel olarak ve disiplin içi/çok disiplinli takımlarda etkin çalışabilme becerisi, sorumluluk alma ve özgüven |
||||||
| 7 | Bilgiye erişebilme, kaynak araştırması yapabilme ve bilgi kaynaklarını kullanabilme becerisi |
||||||
| 8 | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi |
||||||
| 9 | 9. Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma, ve en az bir yabancı dilde teknik yayın okuyup anlayabilme, rapor hazırlama ve sunum yapma becerisi |
||||||
| 10 | Mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi |
||||||
| 11 | 11. Proje yönetimi, işyeri uygulamaları, çalışanların sağlığı, çevre ve iş güvenliği, ve mühendislik uygulamalarının hukuksal sonuçları hakkında farkındalık |
||||||
| 12 | 12. Mühendislik çözümlerinin ve uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlardaki etkileri, girişimcilik ve yenilikçilik, ve çağın sorunları hakkında bilgi sahibi olmak |
||||||
| DERS AKIŞI | |||
|---|---|---|---|
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık | Yöntem |
| 1 | Hesaplamalı Biyolojinin Tarihi | İlgili ünitenin okunması | |
| 2 | Temel Biyoloji | İlgili ünitenin okunması | |
| 3 | Hizalama ve İstatistik | İlgili ünitenin okunması | |
| 4 | Protein Hizalama Çalışması | İlgili ünitenin okunması | |
| 5 | Protein Özellikleri için Markov ve Gizli Markov Modelleri | İlgili ünitenin okunması | |
| 6 | Protein Yapısı | İlgili ünitenin okunması | |
| 7 | Motiflerin Eldesi için Yöntemler | İlgili ünitenin okunması | |
| 8 | Ara Sınav | Ders notlarının tekrarı | |
| 9 | Protein yapısının tahmini | İlgili ünitenin okunması | |
| 10 | Proteinlerin Etkileşimleri | İlgili ünitenin okunması | |
| 11 | Düzenleyici Ağlar | İlgili ünitenin okunması | |
| 12 | Gen Düzenleyici Ağlar | İlgili ünitenin okunması | |
| 13 | Gen düzenlerinin karşılaştırılmalı analizi | İlgili ünitenin okunması | |
| 14 | Sentetik Biyoloji | İlgili ünitenin okunması | |
| 15 | İnsan Genetiği | İlgili ünitenin okunması | |
| 16-17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ders notlarının tekrarı | |
| KAYNAKLAR | |
|---|---|
| Ders Notu | |
| Diğer Kaynaklar | |
